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質譜法分析蛋白的基本原理是通過電離源將蛋白質分子轉化為離子，然后利用質譜分析儀的電場、磁場將具有特定質量與電荷比值（M/Z）的蛋白質離子分離開來，經過離子檢測器收集分離的離子，確定離子的M/Z值，分析鑒定未知蛋白。
通常結合相應的處理及其他技術，能夠比較準確、快速地鑒定蛋白質。
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